trombicula: (leto)
Диагностика по ключевым словам:
1) если не Путин то кто;
2) клерикализация, гомофобия, пора валить;
3) Сталин, пиндосы, хватит хаять;
4) русский вставай, хватит кормить Кавказ;
5) хавчик, бабло, бухло;
6) православие, самодержавие, народность;
7) закят, шариат, джамаат;
8) кладизм не пройдет, принцип парсимонии адское зло.
trombicula: (Default)
Are Cladistics and Linnean systematics merely the two possible classificatory solutions to "the problem of universals"?

The "problem of universals" is an ancient problem in metaphysics about whether universals exist. This problem has two contradictory (orthogonal) solutions: Aristotelian essentialism and Plato's theory of forms, the former assuming that they do and the latter that they don't. Cladistics is consistent with the former and Linnean systematics is consistent with the latter, and they are mutually contradictory (ie, orthogonal). Now, since classification of reality (for example into either clades or into genera, families, orders, etcetera) does not influence reality itself, aren't Cladistics and Linnean systematics merely the two possible (orthogonal) classificatory solutions to the problem of universals, Aristotelian essentialism and Plato's theory of forms, respectively? (https://www.researchgate.net/post/Are_Cladistics_and_Linnean_systematics_merely_the_two_possible_classificatory_solutions_to_the_problem_of_universals?)

(Не являются ли кладистика и линнеевская систематика просто двумя возможными классификационными решениями "проблемы универсалий"?

Проблема универсалий - это древняя проблема метафизики, состоящая в вопросе о том, существуют ли универсалии. Эта проблема имеет два контрадикторных (ортогональных) решения: аристотелевский эссенциализм и платоновская теория форм. Первый полагает, что универсалии существуют, второй - что нет [наоборот - trombicula]. Кладистика соответствует первому решению, а линнеевская систематика - второму, причем они взаимно контрадикторны (т.е. ортогональны). Далее, поскольку классификация реальности (например, деление на клады или роды, семейства, отряды и т.д.) не влияет на реальность саму по себе, то не являются ли кладистическая и линнеевская систематики просто двумя возможными (ортогональными) классификационными решениями проблемы универсалий - аристотелевским эссенциализмом и платоновской теорией форм соответственно?)

Автор: Mats Envall ("I am an electronic technician and biological systematist that works in the interface between technology, biology and statistics. My last project was to map the eelgrass (Zostera sp.) distribution in Västra Götalands län using remote sensing by multivariate GIS-analyses of satellite registrations (SPOT-5) and geological data. I also run a blog (menvall.wordpress.com) where I try to explain exactly how cladistics is paradoxically contradictory (in practice an infinite recursion)".)


Ну, что тут скажешь? Перепутать Платона с Аристотелем - это, конечно, для теоретика систематики очень круто. И сослаться на проблему универсалий - прямо-таки новое слово в науке. Вот на таком, блин, уровне народ обсуждает философские проблемы таксономии...

Там по ссылке, кстати, уже ответы появились (доступно для зарегистрированных на ResearchGate).
trombicula: (Default)
Are Cladistics and Linnean systematics merely the two possible classificatory solutions to "the problem of universals"?

The "problem of universals" is an ancient problem in metaphysics about whether universals exist. This problem has two contradictory (orthogonal) solutions: Aristotelian essentialism and Plato's theory of forms, the former assuming that they do and the latter that they don't. Cladistics is consistent with the former and Linnean systematics is consistent with the latter, and they are mutually contradictory (ie, orthogonal). Now, since classification of reality (for example into either clades or into genera, families, orders, etcetera) does not influence reality itself, aren't Cladistics and Linnean systematics merely the two possible (orthogonal) classificatory solutions to the problem of universals, Aristotelian essentialism and Plato's theory of forms, respectively? (https://www.researchgate.net/post/Are_Cladistics_and_Linnean_systematics_merely_the_two_possible_classificatory_solutions_to_the_problem_of_universals?)

(Не являются ли кладистика и линнеевская систематика просто двумя возможными классификационными решениями "проблемы универсалий"?

Проблема универсалий - это древняя проблема метафизики, состоящая в вопросе о том, существуют ли универсалии. Эта проблема имеет два контрадикторных (ортогональных) решения: аристотелевский эссенциализм и платоновская теория форм. Первый полагает, что универсалии существуют, второй - что нет [наоборот - trombicula]. Кладистика соответствует первому решению, а линнеевская систематика - второму, причем они взаимно контрадикторны (т.е. ортогональны). Далее, поскольку классификация реальности (например, деление на клады или роды, семейства, отряды и т.д.) не влияет на реальность саму по себе, то не являются ли кладистическая и линнеевская систематики просто двумя возможными (ортогональными) классификационными решениями проблемы универсалий - аристотелевским эссенциализмом и платоновской теорией форм соответственно?)

Автор: Mats Envall ("I am an electronic technician and biological systematist that works in the interface between technology, biology and statistics. My last project was to map the eelgrass (Zostera sp.) distribution in Västra Götalands län using remote sensing by multivariate GIS-analyses of satellite registrations (SPOT-5) and geological data. I also run a blog (menvall.wordpress.com) where I try to explain exactly how cladistics is paradoxically contradictory (in practice an infinite recursion)".)


Ну, что тут скажешь? Перепутать Платона с Аристотелем - это, конечно, для теоретика систематики очень круто. И сослаться на проблему универсалий - прямо-таки новое слово в науке. Вот на таком, блин, уровне народ обсуждает философские проблемы таксономии...

Там по ссылке, кстати, уже ответы появились (доступно для зарегистрированных на ResearchGate).
trombicula: (kartuz)
Бочков сказал, что мои выступления против кладизма подпадают под действие статьи 282 УК РФ, поскольку содержат в себе возбуждение вражды и ненависти против определенной группы лиц, а именно кладистов.
trombicula: (kartuz)
Бочков сказал, что мои выступления против кладизма подпадают под действие статьи 282 УК РФ, поскольку содержат в себе возбуждение вражды и ненависти против определенной группы лиц, а именно кладистов.
trombicula: (Default)

Только что работал со статьей для "Паразитологии", где филогенетические древа разных микробов, по нуклеотидным последовательностям, строились методом "ближнего соседа" (neighbour-joining, Kimura two-parameter distances). Первый раз, когда я столкнулся с тем, что результаты кластерного анализа микробиологи трактуют как "филогению" (http://trombicula.livejournal.com/35956.html), я подумал, что дело просто в элементарной безграмотности авторов. Однако похоже, что это некая традиция...

trombicula: (Default)

Только что работал со статьей для "Паразитологии", где филогенетические древа разных микробов, по нуклеотидным последовательностям, строились методом "ближнего соседа" (neighbour-joining, Kimura two-parameter distances). Первый раз, когда я столкнулся с тем, что результаты кластерного анализа микробиологи трактуют как "филогению" (http://trombicula.livejournal.com/35956.html), я подумал, что дело просто в элементарной безграмотности авторов. Однако похоже, что это некая традиция...

trombicula: (Default)

А.П. Расницын (Палеонтологический институт РАН).
Проблемы молекулярной и морфологической кладистики: взгляд палеонтолога.
(Доклад на юбилейной конференции, посвященной 150-летию Русского энтомологического общества "Теоретическая и прикладная энтомология - прошлое, настоящее и будущее", состоялся сегодня в Зале заседаний ЗИН РАН).

Докладывались результаты исследования по согласованию с палеонтологическими данными филогений, полученных 3 группами методов: 1) традиционным, 2) морфологической кладистикой, 3) молекулярной кладистикой. Насколько я понял, брались филогении насекомых (каких групп - не уловил). Для сопоставимости филогений часть групп (которые присутствовали не во всех кладограммах) выбрасывались. Рассчитывался некий коэффициент соответствия дендрограммы порядку возникновения таксонов, фиксируемому палеонтологией. Кладограммы (всего 38) брались из работ, опубликованных в 2001-2008 гг. Думаю, это будет опубликовано и желающие смогут познакомиться с методикой сравнения более детально.

Результат, по словам докладчика, удивил его самого. Лучшие показатели соответствия палеонтологическим данным практически во всех случаях (т.е. для всех групп) имели филогении, построенные традиционным способом. Затем шли кладограммы, построенные по морфологическим признакам, и худшие показатели имели, как ни странно, молекулярные кладограммы. Надо заметить, что работы брались достаточно современные, когда молекулярная кладистика уже достаточно развилась методически: появился maximum likelihood и прочие продвинутые методы.

Так что, если конечно исследование докладчика методически состоятельно, это будет хороший, прочный гвоздь в крышку гроба кладистических методов.

trombicula: (Default)

А.П. Расницын (Палеонтологический институт РАН).
Проблемы молекулярной и морфологической кладистики: взгляд палеонтолога.
(Доклад на юбилейной конференции, посвященной 150-летию Русского энтомологического общества "Теоретическая и прикладная энтомология - прошлое, настоящее и будущее", состоялся сегодня в Зале заседаний ЗИН РАН).

Докладывались результаты исследования по согласованию с палеонтологическими данными филогений, полученных 3 группами методов: 1) традиционным, 2) морфологической кладистикой, 3) молекулярной кладистикой. Насколько я понял, брались филогении насекомых (каких групп - не уловил). Для сопоставимости филогений часть групп (которые присутствовали не во всех кладограммах) выбрасывались. Рассчитывался некий коэффициент соответствия дендрограммы порядку возникновения таксонов, фиксируемому палеонтологией. Кладограммы (всего 38) брались из работ, опубликованных в 2001-2008 гг. Думаю, это будет опубликовано и желающие смогут познакомиться с методикой сравнения более детально.

Результат, по словам докладчика, удивил его самого. Лучшие показатели соответствия палеонтологическим данным практически во всех случаях (т.е. для всех групп) имели филогении, построенные традиционным способом. Затем шли кладограммы, построенные по морфологическим признакам, и худшие показатели имели, как ни странно, молекулярные кладограммы. Надо заметить, что работы брались достаточно современные, когда молекулярная кладистика уже достаточно развилась методически: появился maximum likelihood и прочие продвинутые методы.

Так что, если конечно исследование докладчика методически состоятельно, это будет хороший, прочный гвоздь в крышку гроба кладистических методов.

trombicula: (Default)
Еще пара цитат из дедушки Снита:
"Vicariance biogeography (Nelson and Platnick, 1981), if freed from Hennigian dogma, may have a bright future." (Sneath, 1995).

- Вот и я говорю: "догма" :)

"Do we indeed wish to classify crocodiles with birds and away from lizards and snakes on phylogenetic grounds (Mayr, 1969)?"

- Конечно же нет! (Как я мог убедиться, упоминание птиц и крокодилов, как ничто другое, приводит кладистов в бешеную ярость. Поэтому уместно заметить, что здесь этот пример повторяет не какой-нибудь "профнепригодный сотрудник РАН", а один из основателей нумерической таксономии, т.е. вообще современной систематики).

Похоже, что наиболее активно сопротивляются кладизму именно микробиологи (Снит - микробиолог). Г.А. Заварзин, как кажется, не просто возражает против филогении как основы систематики (Заварзин Г.А. 2006. Составляет ли эволюция смысл биологии? Вестник Российской Академии наук, 76 (6): 522-543; за ссылку спасибо [livejournal.com profile] nature_wonder, см. http://nature-wonder.livejournal.com/158222.html). Read more... )
trombicula: (Default)
Еще пара цитат из дедушки Снита:
"Vicariance biogeography (Nelson and Platnick, 1981), if freed from Hennigian dogma, may have a bright future." (Sneath, 1995).

- Вот и я говорю: "догма" :)

"Do we indeed wish to classify crocodiles with birds and away from lizards and snakes on phylogenetic grounds (Mayr, 1969)?"

- Конечно же нет! (Как я мог убедиться, упоминание птиц и крокодилов, как ничто другое, приводит кладистов в бешеную ярость. Поэтому уместно заметить, что здесь этот пример повторяет не какой-нибудь "профнепригодный сотрудник РАН", а один из основателей нумерической таксономии, т.е. вообще современной систематики).

Похоже, что наиболее активно сопротивляются кладизму именно микробиологи (Снит - микробиолог). Г.А. Заварзин, как кажется, не просто возражает против филогении как основы систематики (Заварзин Г.А. 2006. Составляет ли эволюция смысл биологии? Вестник Российской Академии наук, 76 (6): 522-543; за ссылку спасибо [livejournal.com profile] nature_wonder, см. http://nature-wonder.livejournal.com/158222.html). Read more... )
trombicula: (Default)
"One cannot reconstruct phylogeny from synapomorphies if one must first know the phylogeny to recognize correctly the synapomorphies. This is logically the same as trying to select the discriminatory characters before knowing which groups are to be discriminated. One must not assume the answer in advance; to do this is not science." (Sneath P.H.A. 1995. Thirty Years of Numerical Taxonomy. Systematic Biology, Vol. 44(3): 281-298. - Бесплатный ПДФ доступен в сети на jstor.org).

Вот и я говорю: It is not science :)

Далее про фенетику он говорит: "Phenetics mav have to assume the general homologies in advance, but it does not assume the groups and then choose or alter the data so as to fit these groups."

"Нумерическая таксономия", в его понимании (понимании одного из основателей!), это любая таксономия, которая пользуется вычислениями. Соответственно, в настоящее время практически нет такой таксономии, которая не была бы "нумерической". Автор пересказывает случай, когда редактор предложил ему добавить к названию обзорной статьи по молекулярной систематике бактерий (Sneath, 1989) "...с точки зрения нумерического систематика", на что Снит (вариант "Снес" мне как-то не очень, хотя быть может формально он правильнее) заявил, что тогда он напишет "...взгляд одного нумерического систематика на результаты других нумерических систематиков".

Фенетика же - это одна из трех "философий" систематики (наряду с эволюционной систематикой и кладистикой), которая отличается тем, что опирается на общее сходство (overall similarity). Фенетика никак не привязана к "внешним признакам" в отличие от генетических (несмотря на ассоциацию со словом "фен") и вполне может применяться (и применяется) к молекулярным данным.
trombicula: (Default)
"One cannot reconstruct phylogeny from synapomorphies if one must first know the phylogeny to recognize correctly the synapomorphies. This is logically the same as trying to select the discriminatory characters before knowing which groups are to be discriminated. One must not assume the answer in advance; to do this is not science." (Sneath P.H.A. 1995. Thirty Years of Numerical Taxonomy. Systematic Biology, Vol. 44(3): 281-298. - Бесплатный ПДФ доступен в сети на jstor.org).

Вот и я говорю: It is not science :)

Далее про фенетику он говорит: "Phenetics mav have to assume the general homologies in advance, but it does not assume the groups and then choose or alter the data so as to fit these groups."

"Нумерическая таксономия", в его понимании (понимании одного из основателей!), это любая таксономия, которая пользуется вычислениями. Соответственно, в настоящее время практически нет такой таксономии, которая не была бы "нумерической". Автор пересказывает случай, когда редактор предложил ему добавить к названию обзорной статьи по молекулярной систематике бактерий (Sneath, 1989) "...с точки зрения нумерического систематика", на что Снит (вариант "Снес" мне как-то не очень, хотя быть может формально он правильнее) заявил, что тогда он напишет "...взгляд одного нумерического систематика на результаты других нумерических систематиков".

Фенетика же - это одна из трех "философий" систематики (наряду с эволюционной систематикой и кладистикой), которая отличается тем, что опирается на общее сходство (overall similarity). Фенетика никак не привязана к "внешним признакам" в отличие от генетических (несмотря на ассоциацию со словом "фен") и вполне может применяться (и применяется) к молекулярным данным.
trombicula: (Default)
Их принципы:
Hennig’s Auxiliary Principle: "Никогда не предполагай конвергенцию или параллельную эволюцию, всегда предполагай гомологию в отсутствие свидетельств противного" ("The Compleat Cladist").
Наши принципы:
"Никогда не предполагай общее происхождение, пока невозможность обратного не доказана".

Read more... )
trombicula: (Default)
Их принципы:
Hennig’s Auxiliary Principle: "Никогда не предполагай конвергенцию или параллельную эволюцию, всегда предполагай гомологию в отсутствие свидетельств противного" ("The Compleat Cladist").
Наши принципы:
"Никогда не предполагай общее происхождение, пока невозможность обратного не доказана".

Read more... )
trombicula: (Default)

Итак, со вторым заседанием "семинар по кладистике" (St Petersburg seminar in taxonomy and phylogenetics) вошел в лекционную фазу. В качестве некоторых предварительных замечаний Н.С. Ростова привела краткую классификацию инструментальных методов в систематике: 1) биометрия - выдвижение гипотез и тестирование их на основе, в конечном итоге, теории вероятности, 2) многомерный анализ - предварительной гипотезы как правило нет; результат работы - ординация или иной вариант наглядного представления данных (например, древовидная кластеризация), 3) молекулярная кладистика, 4) собственно кладистика. (У меня лично эта классификация вызывает сомнения: как отметила и сама Н.С., между 1 и 2 существует трансгрессия; кроме того, здесь слишком явно не соблюдается правило общего основания деления). 

Read more... )
trombicula: (Default)

Итак, со вторым заседанием "семинар по кладистике" (St Petersburg seminar in taxonomy and phylogenetics) вошел в лекционную фазу. В качестве некоторых предварительных замечаний Н.С. Ростова привела краткую классификацию инструментальных методов в систематике: 1) биометрия - выдвижение гипотез и тестирование их на основе, в конечном итоге, теории вероятности, 2) многомерный анализ - предварительной гипотезы как правило нет; результат работы - ординация или иной вариант наглядного представления данных (например, древовидная кластеризация), 3) молекулярная кладистика, 4) собственно кладистика. (У меня лично эта классификация вызывает сомнения: как отметила и сама Н.С., между 1 и 2 существует трансгрессия; кроме того, здесь слишком явно не соблюдается правило общего основания деления). 

Read more... )
trombicula: (Default)

После прочтения первых глав "The Compleat Cladist" меня тоже потянуло на лапидарные формулировки:

1. Систематик - это эксперт по группе.
2. Систематик может быть, а может и не быть ученым.
3. Систематик является ученым тогда и в той мере, когда и в какой мере он осознает основания своей экспертной деятельности (например, не просто узнает представителей группы, а может составить работающий диагноз; не просто знает, как что называется, а разбирается в принципах номенклатуры).
     Следствие 1. Специалист, работающий с группой, но не являющийся экспертом, не может быть назван ученым, сколько бы он не рассуждал об "операциональности", "фальсификационизме", "тестировании гипотез" и прочих умных вещах.
     Следствие 2. Инструментальные методы в систематике могут быть названы научными тогда и в той мере, когда и в какой мере они предполагают экспертную деятельность, в качестве исходной точки или результата своего приложения.
          Следствие 2.1. Направление, которое противопоставляет какой-либо метод экспертной деятельности, в качестве якобы полноценной и адекватной замены последней, фактически является антинаучным.
               Пример. Кладизм в версии "The Compleat Cladist" является антинаучным направлением.

trombicula: (Default)

После прочтения первых глав "The Compleat Cladist" меня тоже потянуло на лапидарные формулировки:

1. Систематик - это эксперт по группе.
2. Систематик может быть, а может и не быть ученым.
3. Систематик является ученым тогда и в той мере, когда и в какой мере он осознает основания своей экспертной деятельности (например, не просто узнает представителей группы, а может составить работающий диагноз; не просто знает, как что называется, а разбирается в принципах номенклатуры).
     Следствие 1. Специалист, работающий с группой, но не являющийся экспертом, не может быть назван ученым, сколько бы он не рассуждал об "операциональности", "фальсификационизме", "тестировании гипотез" и прочих умных вещах.
     Следствие 2. Инструментальные методы в систематике могут быть названы научными тогда и в той мере, когда и в какой мере они предполагают экспертную деятельность, в качестве исходной точки или результата своего приложения.
          Следствие 2.1. Направление, которое противопоставляет какой-либо метод экспертной деятельности, в качестве якобы полноценной и адекватной замены последней, фактически является антинаучным.
               Пример. Кладизм в версии "The Compleat Cladist" является антинаучным направлением.

trombicula: (Default)

(о которой шла речь недавно: http://trombicula.livejournal.com/77593.html)
Первый отказ не заставил себя долго ждать. Как написал мне редактор Invertebrate Systematics, тема статьи слишком узкая и, кроме того, там совсем нет филогенетического анализа (статья, напомню, посвящена ревизии группы близких видов на основании морфометрических данных).

Ну что ж: двигаемся дальше. Следующий в списке - Systematic Parasitology (издательство Springer, редактор в Англии, импакт 1.125). Опять придется сидеть за компьютером и подгонять статью под новые стандарты оформления. А я только было включил микроскоп и собрался, впервые за много месяцев, померять краснотелок из Чили... :(

UPD (5/02/09): Заменил цитату из письма редактора ее пересказом и, соответственно, снял замок с записи.

February 2013

S M T W T F S
     12
3 456 7 89
10 111213141516
1718 1920212223
2425262728  

Syndicate

RSS Atom

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jul. 21st, 2017 02:44 pm
Powered by Dreamwidth Studios