trombicula: (leto)
Внезапно пришла в голову мысль, что если посмотреть на популяризацию тупо с точки зрения пропаганды биологии, то креационистские тексты в России должны быть перспективнее произведений à la Dawkins. В самом деле - что эффективнее с т.зр. возможности изменения массовых представлений в благоприятную для биологии сторону: пропаганда, ориентированная на 14 % небыдла, или пропаганда, предназначенная для 86 % ватников за путена и духовные скрепы? Очевидно же, что второе!

Что касается того, что, мол, креационизм дальше от настоящей науки, чем атеистический эволюционизм, то какая разница: все равно массовый читатель удален от нее еще дальше, и эта дистанция в принципе непреодолима. А идеологизированы эти направления в равной степени. Для обоих наука - это то, что доказывает все хорошее и опровергает все плохое. Для вторых - доказывает, что "бога нет", что пидарасами рождаются, а женщинами, напротив, становятся, что русские - генетические рабы, а мегафауна уничтожена сапиенсами. Для первых - что, согласно исследованиям британских ученых, Земле в точности 7525 лет, что "промежуточных форм" не существует, и что в потомстве проявляются признаки первого сексуального партнера матери.

Для меня, например, как систематика - одинаковая дикость и мракобесие что "отсутствие промежуточных форм", что абсолютизация исторического нарратива (которому уже сто лет как место на свалке) и безумный принцип парсимонии.

Так что премию, на самом деле, надо было давать Вертьянову с его учебником, а не марковым-панчиным!
trombicula: (leto)
Оригинал взят у [livejournal.com profile] olnud в Зоологические Стахановы
В 2012 г. в журнале Zootaxa была опубликована монография «A turbo-taxonomic study of Thai Aleiodes (Aleiodes) and Aleiodes (Arcaleiodes) (Hymenoptera: Braconidae: Rogadinae) based largely on COI barcoded specimens, with rapid descriptions of 179 new species». На менее чем двухстах страницах было описано 179 новых видов наездников, причем описания были очень краткими и сопровождались только цветными фотографиями внешнего вида. Но зато для каждого вида приведены сиквенсы фрагмента гена COI. Авторы предложили называть такой подход «turbo-taxonomy» («ускоренной таксономией»), поскольку он позволяет очень быстро описать большое число новых видов.
<...>
Я не сомневаюсь, что кинут очередной стахановский клич описывать много и быстро, без морфологических «заморочек». Учитывая, что многие молодые систематики – ленивые морфологи, турбо-таксономии уготовлено славное будущее.


----------------------
trombicula: При всем моем пессимизме, полагаю, что в данном случае скорее будет недолгое хорошо оплачиваемое будущее, а потом позорный провал. Т.к. вряд ли эти работы наберут достаточный пул взаимных цитат, а морфосистематики будут мало на них ссылаться.

В своей области я имею пример некоторого количества видов, описанных по взрослым особям (при том что систематика группы построена по личинкам). Все они находятся в полном игноре, как incertae sedis. То же будет и с этими "турбо-видами".

olnud: Работы по турбо-систематике за последние два-три года цитируют очень активно специалистами из самых разных областей (я узнал об этих работах из рукописи по червям) - и в этом плане авторы достигли определенных показателей, к которым, возможно, стремились. Дебаты вокруг этой проблемы тоже повысят цитируемость. В полное игнорирование таких работ не верю - это все равно, что объявлять бойкот фаст-фуду.

trombicula: Ну так я и говорю про "недолгое хорошо оплачиваемое будущее", а не про то, что им объявят какой-то бойкот. Они проиграют в конкурентной борьбе за счет чисто наукометрического фактора.

----------------------
trombicula: <...> Главное, что я хотел сказать, вот это: "Турбо-таксономисты проиграют не чистым морфологам - они проиграют своим же по духу коммерсантам от науки, которые сообразят, что сиквенс + морфология лучше продается, чем просто сиквенс".

olnud: Я это уловил, но в книжном магазине хорошо продаются отнюдь не самые лучшие по содержанию книги. Будут безусловно канонические работы, но их всегда было немного.

trombicula: Продается то, что солиднее выглядит. Сиквенс + морфология - это "фундаментально", "исчерпывающее исследование", "комплексный подход" и т.п.
Это как с кладизмом: много ли работ делается на одной идеологически верной парсимонии? Всегда же стараются ее чем-то дополнить и разбавить.
Всякого рода левацкие идеологии очень органично встроены в современное общество, но по-настоящему доминировать ни одной из них не дадут, как бы они к этому ни стремились :) В науке примерно тот же механизм.
trombicula: (leto)
Отрывок из чужой рецензии на чужую статью (подчеркнуто мной):
"Возвращаясь к филогенетическим построениям, автору следует включить в анализ все валидные близкородственные таксоны и использовать метод не максимальной экономии (это общепризнанный источник артефактов, см. Википедию), а максимального подобия (Maximum Likelihood, МП), имеющийся в используемом пакете PAUP (с привлечением опции отношения веса транзиций и трансверсий, например, 2 к 1, когда одна трансверсия стоит двух транзиций), а также байесовское заключение (БЗ), для чего существует много бесплатных приложений, например, MrBayes. При использовании такого подхода деревья обычно конгруэнтны. Для обоих методов ОБЯЗАТЕЛЬНО приводить поддержку ветвей в виде бутстрепа (для МП) и постериорной вероятности (для БЗ)".
trombicula: (leto)
http://www.mapress.com/zootaxa/list/2013/3728(1).html
21.95 КБ


Это литературный обзор, дополненный описаниями 6 новых видов и применением кое-какой математики:
Смерть кладизму! )
trombicula: (leto)
Диагностика по ключевым словам:
1) если не Путин то кто;
2) клерикализация, гомофобия, пора валить;
3) Сталин, пиндосы, хватит хаять;
4) русский вставай, хватит кормить Кавказ;
5) хавчик, бабло, бухло;
6) православие, самодержавие, народность;
7) закят, шариат, джамаат;
8) кладизм не пройдет, принцип парсимонии адское зло.
trombicula: (Default)
Are Cladistics and Linnean systematics merely the two possible classificatory solutions to "the problem of universals"?

The "problem of universals" is an ancient problem in metaphysics about whether universals exist. This problem has two contradictory (orthogonal) solutions: Aristotelian essentialism and Plato's theory of forms, the former assuming that they do and the latter that they don't. Cladistics is consistent with the former and Linnean systematics is consistent with the latter, and they are mutually contradictory (ie, orthogonal). Now, since classification of reality (for example into either clades or into genera, families, orders, etcetera) does not influence reality itself, aren't Cladistics and Linnean systematics merely the two possible (orthogonal) classificatory solutions to the problem of universals, Aristotelian essentialism and Plato's theory of forms, respectively? (https://www.researchgate.net/post/Are_Cladistics_and_Linnean_systematics_merely_the_two_possible_classificatory_solutions_to_the_problem_of_universals?)

(Не являются ли кладистика и линнеевская систематика просто двумя возможными классификационными решениями "проблемы универсалий"?

Проблема универсалий - это древняя проблема метафизики, состоящая в вопросе о том, существуют ли универсалии. Эта проблема имеет два контрадикторных (ортогональных) решения: аристотелевский эссенциализм и платоновская теория форм. Первый полагает, что универсалии существуют, второй - что нет [наоборот - trombicula]. Кладистика соответствует первому решению, а линнеевская систематика - второму, причем они взаимно контрадикторны (т.е. ортогональны). Далее, поскольку классификация реальности (например, деление на клады или роды, семейства, отряды и т.д.) не влияет на реальность саму по себе, то не являются ли кладистическая и линнеевская систематики просто двумя возможными (ортогональными) классификационными решениями проблемы универсалий - аристотелевским эссенциализмом и платоновской теорией форм соответственно?)

Автор: Mats Envall ("I am an electronic technician and biological systematist that works in the interface between technology, biology and statistics. My last project was to map the eelgrass (Zostera sp.) distribution in Västra Götalands län using remote sensing by multivariate GIS-analyses of satellite registrations (SPOT-5) and geological data. I also run a blog (menvall.wordpress.com) where I try to explain exactly how cladistics is paradoxically contradictory (in practice an infinite recursion)".)


Ну, что тут скажешь? Перепутать Платона с Аристотелем - это, конечно, для теоретика систематики очень круто. И сослаться на проблему универсалий - прямо-таки новое слово в науке. Вот на таком, блин, уровне народ обсуждает философские проблемы таксономии...

Там по ссылке, кстати, уже ответы появились (доступно для зарегистрированных на ResearchGate).
trombicula: (Default)
Are Cladistics and Linnean systematics merely the two possible classificatory solutions to "the problem of universals"?

The "problem of universals" is an ancient problem in metaphysics about whether universals exist. This problem has two contradictory (orthogonal) solutions: Aristotelian essentialism and Plato's theory of forms, the former assuming that they do and the latter that they don't. Cladistics is consistent with the former and Linnean systematics is consistent with the latter, and they are mutually contradictory (ie, orthogonal). Now, since classification of reality (for example into either clades or into genera, families, orders, etcetera) does not influence reality itself, aren't Cladistics and Linnean systematics merely the two possible (orthogonal) classificatory solutions to the problem of universals, Aristotelian essentialism and Plato's theory of forms, respectively? (https://www.researchgate.net/post/Are_Cladistics_and_Linnean_systematics_merely_the_two_possible_classificatory_solutions_to_the_problem_of_universals?)

(Не являются ли кладистика и линнеевская систематика просто двумя возможными классификационными решениями "проблемы универсалий"?

Проблема универсалий - это древняя проблема метафизики, состоящая в вопросе о том, существуют ли универсалии. Эта проблема имеет два контрадикторных (ортогональных) решения: аристотелевский эссенциализм и платоновская теория форм. Первый полагает, что универсалии существуют, второй - что нет [наоборот - trombicula]. Кладистика соответствует первому решению, а линнеевская систематика - второму, причем они взаимно контрадикторны (т.е. ортогональны). Далее, поскольку классификация реальности (например, деление на клады или роды, семейства, отряды и т.д.) не влияет на реальность саму по себе, то не являются ли кладистическая и линнеевская систематики просто двумя возможными (ортогональными) классификационными решениями проблемы универсалий - аристотелевским эссенциализмом и платоновской теорией форм соответственно?)

Автор: Mats Envall ("I am an electronic technician and biological systematist that works in the interface between technology, biology and statistics. My last project was to map the eelgrass (Zostera sp.) distribution in Västra Götalands län using remote sensing by multivariate GIS-analyses of satellite registrations (SPOT-5) and geological data. I also run a blog (menvall.wordpress.com) where I try to explain exactly how cladistics is paradoxically contradictory (in practice an infinite recursion)".)


Ну, что тут скажешь? Перепутать Платона с Аристотелем - это, конечно, для теоретика систематики очень круто. И сослаться на проблему универсалий - прямо-таки новое слово в науке. Вот на таком, блин, уровне народ обсуждает философские проблемы таксономии...

Там по ссылке, кстати, уже ответы появились (доступно для зарегистрированных на ResearchGate).
trombicula: (kartuz)
Бочков сказал, что мои выступления против кладизма подпадают под действие статьи 282 УК РФ, поскольку содержат в себе возбуждение вражды и ненависти против определенной группы лиц, а именно кладистов.
trombicula: (kartuz)
Бочков сказал, что мои выступления против кладизма подпадают под действие статьи 282 УК РФ, поскольку содержат в себе возбуждение вражды и ненависти против определенной группы лиц, а именно кладистов.
trombicula: (Default)

Только что работал со статьей для "Паразитологии", где филогенетические древа разных микробов, по нуклеотидным последовательностям, строились методом "ближнего соседа" (neighbour-joining, Kimura two-parameter distances). Первый раз, когда я столкнулся с тем, что результаты кластерного анализа микробиологи трактуют как "филогению" (http://trombicula.livejournal.com/35956.html), я подумал, что дело просто в элементарной безграмотности авторов. Однако похоже, что это некая традиция...

trombicula: (Default)

Только что работал со статьей для "Паразитологии", где филогенетические древа разных микробов, по нуклеотидным последовательностям, строились методом "ближнего соседа" (neighbour-joining, Kimura two-parameter distances). Первый раз, когда я столкнулся с тем, что результаты кластерного анализа микробиологи трактуют как "филогению" (http://trombicula.livejournal.com/35956.html), я подумал, что дело просто в элементарной безграмотности авторов. Однако похоже, что это некая традиция...

trombicula: (Default)

А.П. Расницын (Палеонтологический институт РАН).
Проблемы молекулярной и морфологической кладистики: взгляд палеонтолога.
(Доклад на юбилейной конференции, посвященной 150-летию Русского энтомологического общества "Теоретическая и прикладная энтомология - прошлое, настоящее и будущее", состоялся сегодня в Зале заседаний ЗИН РАН).

Докладывались результаты исследования по согласованию с палеонтологическими данными филогений, полученных 3 группами методов: 1) традиционным, 2) морфологической кладистикой, 3) молекулярной кладистикой. Насколько я понял, брались филогении насекомых (каких групп - не уловил). Для сопоставимости филогений часть групп (которые присутствовали не во всех кладограммах) выбрасывались. Рассчитывался некий коэффициент соответствия дендрограммы порядку возникновения таксонов, фиксируемому палеонтологией. Кладограммы (всего 38) брались из работ, опубликованных в 2001-2008 гг. Думаю, это будет опубликовано и желающие смогут познакомиться с методикой сравнения более детально.

Результат, по словам докладчика, удивил его самого. Лучшие показатели соответствия палеонтологическим данным практически во всех случаях (т.е. для всех групп) имели филогении, построенные традиционным способом. Затем шли кладограммы, построенные по морфологическим признакам, и худшие показатели имели, как ни странно, молекулярные кладограммы. Надо заметить, что работы брались достаточно современные, когда молекулярная кладистика уже достаточно развилась методически: появился maximum likelihood и прочие продвинутые методы.

Так что, если конечно исследование докладчика методически состоятельно, это будет хороший, прочный гвоздь в крышку гроба кладистических методов.

trombicula: (Default)

А.П. Расницын (Палеонтологический институт РАН).
Проблемы молекулярной и морфологической кладистики: взгляд палеонтолога.
(Доклад на юбилейной конференции, посвященной 150-летию Русского энтомологического общества "Теоретическая и прикладная энтомология - прошлое, настоящее и будущее", состоялся сегодня в Зале заседаний ЗИН РАН).

Докладывались результаты исследования по согласованию с палеонтологическими данными филогений, полученных 3 группами методов: 1) традиционным, 2) морфологической кладистикой, 3) молекулярной кладистикой. Насколько я понял, брались филогении насекомых (каких групп - не уловил). Для сопоставимости филогений часть групп (которые присутствовали не во всех кладограммах) выбрасывались. Рассчитывался некий коэффициент соответствия дендрограммы порядку возникновения таксонов, фиксируемому палеонтологией. Кладограммы (всего 38) брались из работ, опубликованных в 2001-2008 гг. Думаю, это будет опубликовано и желающие смогут познакомиться с методикой сравнения более детально.

Результат, по словам докладчика, удивил его самого. Лучшие показатели соответствия палеонтологическим данным практически во всех случаях (т.е. для всех групп) имели филогении, построенные традиционным способом. Затем шли кладограммы, построенные по морфологическим признакам, и худшие показатели имели, как ни странно, молекулярные кладограммы. Надо заметить, что работы брались достаточно современные, когда молекулярная кладистика уже достаточно развилась методически: появился maximum likelihood и прочие продвинутые методы.

Так что, если конечно исследование докладчика методически состоятельно, это будет хороший, прочный гвоздь в крышку гроба кладистических методов.

trombicula: (Default)
Еще пара цитат из дедушки Снита:
"Vicariance biogeography (Nelson and Platnick, 1981), if freed from Hennigian dogma, may have a bright future." (Sneath, 1995).

- Вот и я говорю: "догма" :)

"Do we indeed wish to classify crocodiles with birds and away from lizards and snakes on phylogenetic grounds (Mayr, 1969)?"

- Конечно же нет! (Как я мог убедиться, упоминание птиц и крокодилов, как ничто другое, приводит кладистов в бешеную ярость. Поэтому уместно заметить, что здесь этот пример повторяет не какой-нибудь "профнепригодный сотрудник РАН", а один из основателей нумерической таксономии, т.е. вообще современной систематики).

Похоже, что наиболее активно сопротивляются кладизму именно микробиологи (Снит - микробиолог). Г.А. Заварзин, как кажется, не просто возражает против филогении как основы систематики (Заварзин Г.А. 2006. Составляет ли эволюция смысл биологии? Вестник Российской Академии наук, 76 (6): 522-543; за ссылку спасибо [livejournal.com profile] nature_wonder, см. http://nature-wonder.livejournal.com/158222.html). Read more... )
trombicula: (Default)
Еще пара цитат из дедушки Снита:
"Vicariance biogeography (Nelson and Platnick, 1981), if freed from Hennigian dogma, may have a bright future." (Sneath, 1995).

- Вот и я говорю: "догма" :)

"Do we indeed wish to classify crocodiles with birds and away from lizards and snakes on phylogenetic grounds (Mayr, 1969)?"

- Конечно же нет! (Как я мог убедиться, упоминание птиц и крокодилов, как ничто другое, приводит кладистов в бешеную ярость. Поэтому уместно заметить, что здесь этот пример повторяет не какой-нибудь "профнепригодный сотрудник РАН", а один из основателей нумерической таксономии, т.е. вообще современной систематики).

Похоже, что наиболее активно сопротивляются кладизму именно микробиологи (Снит - микробиолог). Г.А. Заварзин, как кажется, не просто возражает против филогении как основы систематики (Заварзин Г.А. 2006. Составляет ли эволюция смысл биологии? Вестник Российской Академии наук, 76 (6): 522-543; за ссылку спасибо [livejournal.com profile] nature_wonder, см. http://nature-wonder.livejournal.com/158222.html). Read more... )
trombicula: (Default)
"One cannot reconstruct phylogeny from synapomorphies if one must first know the phylogeny to recognize correctly the synapomorphies. This is logically the same as trying to select the discriminatory characters before knowing which groups are to be discriminated. One must not assume the answer in advance; to do this is not science." (Sneath P.H.A. 1995. Thirty Years of Numerical Taxonomy. Systematic Biology, Vol. 44(3): 281-298. - Бесплатный ПДФ доступен в сети на jstor.org).

Вот и я говорю: It is not science :)

Далее про фенетику он говорит: "Phenetics mav have to assume the general homologies in advance, but it does not assume the groups and then choose or alter the data so as to fit these groups."

"Нумерическая таксономия", в его понимании (понимании одного из основателей!), это любая таксономия, которая пользуется вычислениями. Соответственно, в настоящее время практически нет такой таксономии, которая не была бы "нумерической". Автор пересказывает случай, когда редактор предложил ему добавить к названию обзорной статьи по молекулярной систематике бактерий (Sneath, 1989) "...с точки зрения нумерического систематика", на что Снит (вариант "Снес" мне как-то не очень, хотя быть может формально он правильнее) заявил, что тогда он напишет "...взгляд одного нумерического систематика на результаты других нумерических систематиков".

Фенетика же - это одна из трех "философий" систематики (наряду с эволюционной систематикой и кладистикой), которая отличается тем, что опирается на общее сходство (overall similarity). Фенетика никак не привязана к "внешним признакам" в отличие от генетических (несмотря на ассоциацию со словом "фен") и вполне может применяться (и применяется) к молекулярным данным.
trombicula: (Default)
"One cannot reconstruct phylogeny from synapomorphies if one must first know the phylogeny to recognize correctly the synapomorphies. This is logically the same as trying to select the discriminatory characters before knowing which groups are to be discriminated. One must not assume the answer in advance; to do this is not science." (Sneath P.H.A. 1995. Thirty Years of Numerical Taxonomy. Systematic Biology, Vol. 44(3): 281-298. - Бесплатный ПДФ доступен в сети на jstor.org).

Вот и я говорю: It is not science :)

Далее про фенетику он говорит: "Phenetics mav have to assume the general homologies in advance, but it does not assume the groups and then choose or alter the data so as to fit these groups."

"Нумерическая таксономия", в его понимании (понимании одного из основателей!), это любая таксономия, которая пользуется вычислениями. Соответственно, в настоящее время практически нет такой таксономии, которая не была бы "нумерической". Автор пересказывает случай, когда редактор предложил ему добавить к названию обзорной статьи по молекулярной систематике бактерий (Sneath, 1989) "...с точки зрения нумерического систематика", на что Снит (вариант "Снес" мне как-то не очень, хотя быть может формально он правильнее) заявил, что тогда он напишет "...взгляд одного нумерического систематика на результаты других нумерических систематиков".

Фенетика же - это одна из трех "философий" систематики (наряду с эволюционной систематикой и кладистикой), которая отличается тем, что опирается на общее сходство (overall similarity). Фенетика никак не привязана к "внешним признакам" в отличие от генетических (несмотря на ассоциацию со словом "фен") и вполне может применяться (и применяется) к молекулярным данным.
trombicula: (Default)
Их принципы:
Hennig’s Auxiliary Principle: "Никогда не предполагай конвергенцию или параллельную эволюцию, всегда предполагай гомологию в отсутствие свидетельств противного" ("The Compleat Cladist").
Наши принципы:
"Никогда не предполагай общее происхождение, пока невозможность обратного не доказана".

Read more... )
trombicula: (Default)
Их принципы:
Hennig’s Auxiliary Principle: "Никогда не предполагай конвергенцию или параллельную эволюцию, всегда предполагай гомологию в отсутствие свидетельств противного" ("The Compleat Cladist").
Наши принципы:
"Никогда не предполагай общее происхождение, пока невозможность обратного не доказана".

Read more... )
trombicula: (Default)

Итак, со вторым заседанием "семинар по кладистике" (St Petersburg seminar in taxonomy and phylogenetics) вошел в лекционную фазу. В качестве некоторых предварительных замечаний Н.С. Ростова привела краткую классификацию инструментальных методов в систематике: 1) биометрия - выдвижение гипотез и тестирование их на основе, в конечном итоге, теории вероятности, 2) многомерный анализ - предварительной гипотезы как правило нет; результат работы - ординация или иной вариант наглядного представления данных (например, древовидная кластеризация), 3) молекулярная кладистика, 4) собственно кладистика. (У меня лично эта классификация вызывает сомнения: как отметила и сама Н.С., между 1 и 2 существует трансгрессия; кроме того, здесь слишком явно не соблюдается правило общего основания деления). 

Read more... )

July 2017

S M T W T F S
      1
234567 8
9 1011 1213 14 15
1617 1819 202122
23242526272829
3031     

Syndicate

RSS Atom

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Sep. 24th, 2017 03:09 am
Powered by Dreamwidth Studios