trombicula: (Default)
Are Cladistics and Linnean systematics merely the two possible classificatory solutions to "the problem of universals"?

The "problem of universals" is an ancient problem in metaphysics about whether universals exist. This problem has two contradictory (orthogonal) solutions: Aristotelian essentialism and Plato's theory of forms, the former assuming that they do and the latter that they don't. Cladistics is consistent with the former and Linnean systematics is consistent with the latter, and they are mutually contradictory (ie, orthogonal). Now, since classification of reality (for example into either clades or into genera, families, orders, etcetera) does not influence reality itself, aren't Cladistics and Linnean systematics merely the two possible (orthogonal) classificatory solutions to the problem of universals, Aristotelian essentialism and Plato's theory of forms, respectively? (https://www.researchgate.net/post/Are_Cladistics_and_Linnean_systematics_merely_the_two_possible_classificatory_solutions_to_the_problem_of_universals?)

(Не являются ли кладистика и линнеевская систематика просто двумя возможными классификационными решениями "проблемы универсалий"?

Проблема универсалий - это древняя проблема метафизики, состоящая в вопросе о том, существуют ли универсалии. Эта проблема имеет два контрадикторных (ортогональных) решения: аристотелевский эссенциализм и платоновская теория форм. Первый полагает, что универсалии существуют, второй - что нет [наоборот - trombicula]. Кладистика соответствует первому решению, а линнеевская систематика - второму, причем они взаимно контрадикторны (т.е. ортогональны). Далее, поскольку классификация реальности (например, деление на клады или роды, семейства, отряды и т.д.) не влияет на реальность саму по себе, то не являются ли кладистическая и линнеевская систематики просто двумя возможными (ортогональными) классификационными решениями проблемы универсалий - аристотелевским эссенциализмом и платоновской теорией форм соответственно?)

Автор: Mats Envall ("I am an electronic technician and biological systematist that works in the interface between technology, biology and statistics. My last project was to map the eelgrass (Zostera sp.) distribution in Västra Götalands län using remote sensing by multivariate GIS-analyses of satellite registrations (SPOT-5) and geological data. I also run a blog (menvall.wordpress.com) where I try to explain exactly how cladistics is paradoxically contradictory (in practice an infinite recursion)".)


Ну, что тут скажешь? Перепутать Платона с Аристотелем - это, конечно, для теоретика систематики очень круто. И сослаться на проблему универсалий - прямо-таки новое слово в науке. Вот на таком, блин, уровне народ обсуждает философские проблемы таксономии...

Там по ссылке, кстати, уже ответы появились (доступно для зарегистрированных на ResearchGate).
trombicula: (Default)
Are Cladistics and Linnean systematics merely the two possible classificatory solutions to "the problem of universals"?

The "problem of universals" is an ancient problem in metaphysics about whether universals exist. This problem has two contradictory (orthogonal) solutions: Aristotelian essentialism and Plato's theory of forms, the former assuming that they do and the latter that they don't. Cladistics is consistent with the former and Linnean systematics is consistent with the latter, and they are mutually contradictory (ie, orthogonal). Now, since classification of reality (for example into either clades or into genera, families, orders, etcetera) does not influence reality itself, aren't Cladistics and Linnean systematics merely the two possible (orthogonal) classificatory solutions to the problem of universals, Aristotelian essentialism and Plato's theory of forms, respectively? (https://www.researchgate.net/post/Are_Cladistics_and_Linnean_systematics_merely_the_two_possible_classificatory_solutions_to_the_problem_of_universals?)

(Не являются ли кладистика и линнеевская систематика просто двумя возможными классификационными решениями "проблемы универсалий"?

Проблема универсалий - это древняя проблема метафизики, состоящая в вопросе о том, существуют ли универсалии. Эта проблема имеет два контрадикторных (ортогональных) решения: аристотелевский эссенциализм и платоновская теория форм. Первый полагает, что универсалии существуют, второй - что нет [наоборот - trombicula]. Кладистика соответствует первому решению, а линнеевская систематика - второму, причем они взаимно контрадикторны (т.е. ортогональны). Далее, поскольку классификация реальности (например, деление на клады или роды, семейства, отряды и т.д.) не влияет на реальность саму по себе, то не являются ли кладистическая и линнеевская систематики просто двумя возможными (ортогональными) классификационными решениями проблемы универсалий - аристотелевским эссенциализмом и платоновской теорией форм соответственно?)

Автор: Mats Envall ("I am an electronic technician and biological systematist that works in the interface between technology, biology and statistics. My last project was to map the eelgrass (Zostera sp.) distribution in Västra Götalands län using remote sensing by multivariate GIS-analyses of satellite registrations (SPOT-5) and geological data. I also run a blog (menvall.wordpress.com) where I try to explain exactly how cladistics is paradoxically contradictory (in practice an infinite recursion)".)


Ну, что тут скажешь? Перепутать Платона с Аристотелем - это, конечно, для теоретика систематики очень круто. И сослаться на проблему универсалий - прямо-таки новое слово в науке. Вот на таком, блин, уровне народ обсуждает философские проблемы таксономии...

Там по ссылке, кстати, уже ответы появились (доступно для зарегистрированных на ResearchGate).
trombicula: (Default)
http://kouprianov.livejournal.com/146068.html
Из моих комментов:
1. "Сам неоднократно видел (и даже когда-то цитировал).

Когда, в начале девяностых? - Это как раз тот рубеж, когда работа по систематике-фаунистике клещей-краснотелок была практически свернута "в коварном зарубежье, в мире чистогана". Не знаю, как обстоят дела, скажем, по микролепидоптерам, а по тромбикулидам история была именно такова. Соответственно, в настоящее время любой, желающий заняться систематикой этой группы должен быть готов к тому, что на его работы (любые работы: фаунистические, ревизии родов, с дискриминантными функциями, с кладистической филогенией, опубликованные в журналах с любым импактом и т.д. и т.п.) ссылаться просто некому.

Вот так и получается, что группа, в которой 3000 видов, причем любой достаточно экзотический материал дает серию новых видов и родов, а последние ревизии были сделаны в 60-е годы, с серьезным медицинским и ветеринарным значением и т.д. вдруг оказывается "никому не нужной". И это даже не следствие ее какой-то "некоммерческой" природы - это просто автоматический результат охватившего все ссылочного безумия."

2. "Систематика - это дисциплина, первоочередная задача которой - сделать так, чтобы все определялось. Отсюда следует, что описание новых видов и стандартные таксономические ревизии важнее, чем расположение видов в системе. В частности, если состояние знаний о некой группе таково, что там находки новых видов случаются чаще, чем находки уже описанных видов (как у клещей-краснотелок), или что точное определение экземпляра, как правило, невозможно даже для специалиста (как в систематике Apodemus) - то лица, занимающиеся "расположением видов" в этой группе (что обычно отождествляют с филогенией), попросту страдают фигней."
trombicula: (Default)
http://kouprianov.livejournal.com/146068.html
Из моих комментов:
1. "Сам неоднократно видел (и даже когда-то цитировал).

Когда, в начале девяностых? - Это как раз тот рубеж, когда работа по систематике-фаунистике клещей-краснотелок была практически свернута "в коварном зарубежье, в мире чистогана". Не знаю, как обстоят дела, скажем, по микролепидоптерам, а по тромбикулидам история была именно такова. Соответственно, в настоящее время любой, желающий заняться систематикой этой группы должен быть готов к тому, что на его работы (любые работы: фаунистические, ревизии родов, с дискриминантными функциями, с кладистической филогенией, опубликованные в журналах с любым импактом и т.д. и т.п.) ссылаться просто некому.

Вот так и получается, что группа, в которой 3000 видов, причем любой достаточно экзотический материал дает серию новых видов и родов, а последние ревизии были сделаны в 60-е годы, с серьезным медицинским и ветеринарным значением и т.д. вдруг оказывается "никому не нужной". И это даже не следствие ее какой-то "некоммерческой" природы - это просто автоматический результат охватившего все ссылочного безумия."

2. "Систематика - это дисциплина, первоочередная задача которой - сделать так, чтобы все определялось. Отсюда следует, что описание новых видов и стандартные таксономические ревизии важнее, чем расположение видов в системе. В частности, если состояние знаний о некой группе таково, что там находки новых видов случаются чаще, чем находки уже описанных видов (как у клещей-краснотелок), или что точное определение экземпляра, как правило, невозможно даже для специалиста (как в систематике Apodemus) - то лица, занимающиеся "расположением видов" в этой группе (что обычно отождествляют с филогенией), попросту страдают фигней."
trombicula: (Default)

Только что работал со статьей для "Паразитологии", где филогенетические древа разных микробов, по нуклеотидным последовательностям, строились методом "ближнего соседа" (neighbour-joining, Kimura two-parameter distances). Первый раз, когда я столкнулся с тем, что результаты кластерного анализа микробиологи трактуют как "филогению" (http://trombicula.livejournal.com/35956.html), я подумал, что дело просто в элементарной безграмотности авторов. Однако похоже, что это некая традиция...

trombicula: (Default)

Только что работал со статьей для "Паразитологии", где филогенетические древа разных микробов, по нуклеотидным последовательностям, строились методом "ближнего соседа" (neighbour-joining, Kimura two-parameter distances). Первый раз, когда я столкнулся с тем, что результаты кластерного анализа микробиологи трактуют как "филогению" (http://trombicula.livejournal.com/35956.html), я подумал, что дело просто в элементарной безграмотности авторов. Однако похоже, что это некая традиция...

trombicula: (Default)
Еще пара цитат из дедушки Снита:
"Vicariance biogeography (Nelson and Platnick, 1981), if freed from Hennigian dogma, may have a bright future." (Sneath, 1995).

- Вот и я говорю: "догма" :)

"Do we indeed wish to classify crocodiles with birds and away from lizards and snakes on phylogenetic grounds (Mayr, 1969)?"

- Конечно же нет! (Как я мог убедиться, упоминание птиц и крокодилов, как ничто другое, приводит кладистов в бешеную ярость. Поэтому уместно заметить, что здесь этот пример повторяет не какой-нибудь "профнепригодный сотрудник РАН", а один из основателей нумерической таксономии, т.е. вообще современной систематики).

Похоже, что наиболее активно сопротивляются кладизму именно микробиологи (Снит - микробиолог). Г.А. Заварзин, как кажется, не просто возражает против филогении как основы систематики (Заварзин Г.А. 2006. Составляет ли эволюция смысл биологии? Вестник Российской Академии наук, 76 (6): 522-543; за ссылку спасибо [livejournal.com profile] nature_wonder, см. http://nature-wonder.livejournal.com/158222.html). Read more... )
trombicula: (Default)
Еще пара цитат из дедушки Снита:
"Vicariance biogeography (Nelson and Platnick, 1981), if freed from Hennigian dogma, may have a bright future." (Sneath, 1995).

- Вот и я говорю: "догма" :)

"Do we indeed wish to classify crocodiles with birds and away from lizards and snakes on phylogenetic grounds (Mayr, 1969)?"

- Конечно же нет! (Как я мог убедиться, упоминание птиц и крокодилов, как ничто другое, приводит кладистов в бешеную ярость. Поэтому уместно заметить, что здесь этот пример повторяет не какой-нибудь "профнепригодный сотрудник РАН", а один из основателей нумерической таксономии, т.е. вообще современной систематики).

Похоже, что наиболее активно сопротивляются кладизму именно микробиологи (Снит - микробиолог). Г.А. Заварзин, как кажется, не просто возражает против филогении как основы систематики (Заварзин Г.А. 2006. Составляет ли эволюция смысл биологии? Вестник Российской Академии наук, 76 (6): 522-543; за ссылку спасибо [livejournal.com profile] nature_wonder, см. http://nature-wonder.livejournal.com/158222.html). Read more... )
trombicula: (Default)
"One cannot reconstruct phylogeny from synapomorphies if one must first know the phylogeny to recognize correctly the synapomorphies. This is logically the same as trying to select the discriminatory characters before knowing which groups are to be discriminated. One must not assume the answer in advance; to do this is not science." (Sneath P.H.A. 1995. Thirty Years of Numerical Taxonomy. Systematic Biology, Vol. 44(3): 281-298. - Бесплатный ПДФ доступен в сети на jstor.org).

Вот и я говорю: It is not science :)

Далее про фенетику он говорит: "Phenetics mav have to assume the general homologies in advance, but it does not assume the groups and then choose or alter the data so as to fit these groups."

"Нумерическая таксономия", в его понимании (понимании одного из основателей!), это любая таксономия, которая пользуется вычислениями. Соответственно, в настоящее время практически нет такой таксономии, которая не была бы "нумерической". Автор пересказывает случай, когда редактор предложил ему добавить к названию обзорной статьи по молекулярной систематике бактерий (Sneath, 1989) "...с точки зрения нумерического систематика", на что Снит (вариант "Снес" мне как-то не очень, хотя быть может формально он правильнее) заявил, что тогда он напишет "...взгляд одного нумерического систематика на результаты других нумерических систематиков".

Фенетика же - это одна из трех "философий" систематики (наряду с эволюционной систематикой и кладистикой), которая отличается тем, что опирается на общее сходство (overall similarity). Фенетика никак не привязана к "внешним признакам" в отличие от генетических (несмотря на ассоциацию со словом "фен") и вполне может применяться (и применяется) к молекулярным данным.
trombicula: (Default)
"One cannot reconstruct phylogeny from synapomorphies if one must first know the phylogeny to recognize correctly the synapomorphies. This is logically the same as trying to select the discriminatory characters before knowing which groups are to be discriminated. One must not assume the answer in advance; to do this is not science." (Sneath P.H.A. 1995. Thirty Years of Numerical Taxonomy. Systematic Biology, Vol. 44(3): 281-298. - Бесплатный ПДФ доступен в сети на jstor.org).

Вот и я говорю: It is not science :)

Далее про фенетику он говорит: "Phenetics mav have to assume the general homologies in advance, but it does not assume the groups and then choose or alter the data so as to fit these groups."

"Нумерическая таксономия", в его понимании (понимании одного из основателей!), это любая таксономия, которая пользуется вычислениями. Соответственно, в настоящее время практически нет такой таксономии, которая не была бы "нумерической". Автор пересказывает случай, когда редактор предложил ему добавить к названию обзорной статьи по молекулярной систематике бактерий (Sneath, 1989) "...с точки зрения нумерического систематика", на что Снит (вариант "Снес" мне как-то не очень, хотя быть может формально он правильнее) заявил, что тогда он напишет "...взгляд одного нумерического систематика на результаты других нумерических систематиков".

Фенетика же - это одна из трех "философий" систематики (наряду с эволюционной систематикой и кладистикой), которая отличается тем, что опирается на общее сходство (overall similarity). Фенетика никак не привязана к "внешним признакам" в отличие от генетических (несмотря на ассоциацию со словом "фен") и вполне может применяться (и применяется) к молекулярным данным.
trombicula: (Default)
Их принципы:
Hennig’s Auxiliary Principle: "Никогда не предполагай конвергенцию или параллельную эволюцию, всегда предполагай гомологию в отсутствие свидетельств противного" ("The Compleat Cladist").
Наши принципы:
"Никогда не предполагай общее происхождение, пока невозможность обратного не доказана".

Read more... )
trombicula: (Default)
Их принципы:
Hennig’s Auxiliary Principle: "Никогда не предполагай конвергенцию или параллельную эволюцию, всегда предполагай гомологию в отсутствие свидетельств противного" ("The Compleat Cladist").
Наши принципы:
"Никогда не предполагай общее происхождение, пока невозможность обратного не доказана".

Read more... )
trombicula: (Default)

После прочтения первых глав "The Compleat Cladist" меня тоже потянуло на лапидарные формулировки:

1. Систематик - это эксперт по группе.
2. Систематик может быть, а может и не быть ученым.
3. Систематик является ученым тогда и в той мере, когда и в какой мере он осознает основания своей экспертной деятельности (например, не просто узнает представителей группы, а может составить работающий диагноз; не просто знает, как что называется, а разбирается в принципах номенклатуры).
     Следствие 1. Специалист, работающий с группой, но не являющийся экспертом, не может быть назван ученым, сколько бы он не рассуждал об "операциональности", "фальсификационизме", "тестировании гипотез" и прочих умных вещах.
     Следствие 2. Инструментальные методы в систематике могут быть названы научными тогда и в той мере, когда и в какой мере они предполагают экспертную деятельность, в качестве исходной точки или результата своего приложения.
          Следствие 2.1. Направление, которое противопоставляет какой-либо метод экспертной деятельности, в качестве якобы полноценной и адекватной замены последней, фактически является антинаучным.
               Пример. Кладизм в версии "The Compleat Cladist" является антинаучным направлением.

trombicula: (Default)

После прочтения первых глав "The Compleat Cladist" меня тоже потянуло на лапидарные формулировки:

1. Систематик - это эксперт по группе.
2. Систематик может быть, а может и не быть ученым.
3. Систематик является ученым тогда и в той мере, когда и в какой мере он осознает основания своей экспертной деятельности (например, не просто узнает представителей группы, а может составить работающий диагноз; не просто знает, как что называется, а разбирается в принципах номенклатуры).
     Следствие 1. Специалист, работающий с группой, но не являющийся экспертом, не может быть назван ученым, сколько бы он не рассуждал об "операциональности", "фальсификационизме", "тестировании гипотез" и прочих умных вещах.
     Следствие 2. Инструментальные методы в систематике могут быть названы научными тогда и в той мере, когда и в какой мере они предполагают экспертную деятельность, в качестве исходной точки или результата своего приложения.
          Следствие 2.1. Направление, которое противопоставляет какой-либо метод экспертной деятельности, в качестве якобы полноценной и адекватной замены последней, фактически является антинаучным.
               Пример. Кладизм в версии "The Compleat Cladist" является антинаучным направлением.

trombicula: (Default)
Публиковаться в западных журналах для меня давно привычно, но до сих пор я посылал туда практически только описания новых видов/находок. Статьи же с мат. статистикой шли в ЗИНовские "Энтомологическое обозрение" и "Паразитологию", где как раз с точки зрения статистики никто их не рецензировал. Переходной точкой (если не считать использования критерия Манна-Уитни в статье 2006 г. из Belgian Journal of Entomology) была статья с логистической регрессией, вышедшая в 2008 г. в московском англоязычном журнале "Acarina". И вот наконец я собрался и отослал статью со статистикой в австралийский Invertebrate Systematics (импакт 1.66). Делал я ее очень долго: создание файла с текстом датировано 25.01.2008. Статья посвящена ревизии одной группы близких видов клещей-краснотелок. Статистическая методика там применена на полную катушку: многомерное шкалирование, UPGMA, логистическая регрессия, size-correction по Мозиманну и непараметрические критерии различия. Не исключено, конечно, что эта статья, пропутешествовав по редакциям, закончит свой путь в "Трудах ЗИНа", но если удастся ее опубликовать в Invertebrate Systematics, то она одна сделает мне ПРНД за год (ПРНД, кстати, только что отменили на уровне РАН, но в ЗИНе нечто подобное все равно предполагается использовать).

Пара картинок с объяснением... )
trombicula: (Default)
Публиковаться в западных журналах для меня давно привычно, но до сих пор я посылал туда практически только описания новых видов/находок. Статьи же с мат. статистикой шли в ЗИНовские "Энтомологическое обозрение" и "Паразитологию", где как раз с точки зрения статистики никто их не рецензировал. Переходной точкой (если не считать использования критерия Манна-Уитни в статье 2006 г. из Belgian Journal of Entomology) была статья с логистической регрессией, вышедшая в 2008 г. в московском англоязычном журнале "Acarina". И вот наконец я собрался и отослал статью со статистикой в австралийский Invertebrate Systematics (импакт 1.66). Делал я ее очень долго: создание файла с текстом датировано 25.01.2008. Статья посвящена ревизии одной группы близких видов клещей-краснотелок. Статистическая методика там применена на полную катушку: многомерное шкалирование, UPGMA, логистическая регрессия, size-correction по Мозиманну и непараметрические критерии различия. Не исключено, конечно, что эта статья, пропутешествовав по редакциям, закончит свой путь в "Трудах ЗИНа", но если удастся ее опубликовать в Invertebrate Systematics, то она одна сделает мне ПРНД за год (ПРНД, кстати, только что отменили на уровне РАН, но в ЗИНе нечто подобное все равно предполагается использовать).

Пара картинок с объяснением... )
trombicula: (Default)

Бочков сказал, что после того, как я объявлю себя фенетиком, все отвернутся от меня, как от прокаженного. Ну-ну... :)

trombicula: (Default)

Бочков сказал, что после того, как я объявлю себя фенетиком, все отвернутся от меня, как от прокаженного. Ну-ну... :)

trombicula: (Default)
Итак, это произошло. Присутствовало около 30 человек, которые с трудом поместились в 132-й аудитории. Удивило меня отсутствие секьюрити на входе в универ с Менделеевской: будки были пусты, а в глубине вестибюля сидели какие-то бабульки с неясной функцией. Короче, показывать документы было некому. Видимо, у охраны сейчас каникулы. С содержательной точки зрения заседание получилось достаточно сумбурным. Однако, было решено основать продолжающийся семинар, с заседаниями примерно раз в месяц. Состав оргкомитета: Наталья Семеновна Ростова (СПбГУ), Наталья Иосифовна Абрамсон (ЗИН), Алексей Валерьевич Куприянов ([livejournal.com profile] kouprianov), Алексей Асафьевич Оскольский (БИН, [livejournal.com profile] asafich) и Александр Анатольевич Стекольников (ЗИН, [livejournal.com profile] trombicula). Создана гуглгруппа St Petersburg seminar in taxonomy and phylogenetics, к которой может присоединиться любой желающий оперативно отслеживать всё связанное с семинаром и его материалами. Заседание было записано на два диктофона; предполагается, что запись будет в том или ином виде обнародована.
Read more... )
trombicula: (Default)
Итак, это произошло. Присутствовало около 30 человек, которые с трудом поместились в 132-й аудитории. Удивило меня отсутствие секьюрити на входе в универ с Менделеевской: будки были пусты, а в глубине вестибюля сидели какие-то бабульки с неясной функцией. Короче, показывать документы было некому. Видимо, у охраны сейчас каникулы. С содержательной точки зрения заседание получилось достаточно сумбурным. Однако, было решено основать продолжающийся семинар, с заседаниями примерно раз в месяц. Состав оргкомитета: Наталья Семеновна Ростова (СПбГУ), Наталья Иосифовна Абрамсон (ЗИН), Алексей Валерьевич Куприянов ([livejournal.com profile] kouprianov), Алексей Асафьевич Оскольский (БИН, [livejournal.com profile] asafich) и Александр Анатольевич Стекольников (ЗИН, [livejournal.com profile] trombicula). Создана гуглгруппа St Petersburg seminar in taxonomy and phylogenetics, к которой может присоединиться любой желающий оперативно отслеживать всё связанное с семинаром и его материалами. Заседание было записано на два диктофона; предполагается, что запись будет в том или ином виде обнародована.
Read more... )

February 2013

S M T W T F S
     12
3 456 7 89
10 111213141516
1718 1920212223
2425262728  

Syndicate

RSS Atom

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jul. 21st, 2017 02:44 pm
Powered by Dreamwidth Studios