trombicula: (Default)
Блин, я тупой идиот! Род Trombicula же был описан по взрослым особям!
92.84 КБ
Значит, все догадки о происхождении Trombicula от tromein - полная фигня. Trombidium - "огромный тромб", Trombicula - "маленький тромб". Всё, вопрос закрыт.

UPD: [livejournal.com profile] kouprianov поправил: -idium - тоже уменьшительный суффикс, так что Trombidium и Trombicula имеют один и тот же смысл.
trombicula: (Default)
Сначала картинка для привлечения внимания, первоописание рода Trombidium Fabricius, 1775:

(Утащено здесь: http://gdz.sub.uni-goettingen.de/;
Адрес собственно книги Systema entomologiae: http://gdz.sub.uni-goettingen.de/dms/load/toc/?PPN=PPN578515547&DMDID=DMDLOG_0000)

И диалог по теме (ветка, вынесенная из подзамочного поста):

trombicula
2013-02-08 12:36 (местное)
Корень в этом слове один. Trombus - это латинизация греческого thrombos; cul - уменьшительный суффикс. Это не классическая латынь, конечно.

olnud
2013-02-08 12:40 (местное)
В Webster дано: New Latin, from Trombidium

Read more... )
trombicula: (leto)
Зовут на акарологический конгресс в Тегеран: статус приглашенного докладчика, оплата расходов, организатор - давний (хотя и заочный) знакомый и соавтор. Вот теперь думаю: надо мне это или не надо?...
trombicula: (leto)
3.15 КБ
42.48 КБ"Two new chigger mites Xinjiangsha rychliki sp. nov. and Xinjiangsha stekolnikovi sp. nov. (Acari: Trombiculidae) are described on the basis of single specimens. The larva of Xinjiangsha rychliki sp. nov. was captured by pitfall trap in Turkey (host unknown) and Xinjiangsha stekolnikovi sp. nov. was collected from the ears of Chionomys gud (Satunin) in Caucasus. The key to the known Xinjiangsha species is also presented".

"Etymology. The new species is named in honour of a well-known Russian acarologist Dr. Alexandr A. Stekolnikov".

"We also extend our gratitude to Dr. Alexandr A. Stekolnikov (Zoological Institute RAS, St. Petersburg, Russia), Dr. Owen Seeman and Dr. Ting-huan Wen for valuable advice and the critical review of the manuscript".

Предыдущие случаи:
http://trombicula.livejournal.com/135415.html
http://trombicula.livejournal.com/71061.html
trombicula: (Default)
Google Scolar Citations прислал извещение о новых ссылках на мои статьи. Ссылки содержались в следующей публикации (Medical and Veterinary Entomology, Article first published online: 20 NOV 2012):
Abundances and host relationships of chigger mites in Yunnan Province, China
Y.-Z. ZHAN(1,2), X.-G. GUO(1,3), J.R. SPEAKMAN(3), X.-H. ZUO(1), D. WU(1), Q.-H. WANG(1) and Z.-H. YANG(1)
(1) Vector Laboratory, Institute of Pathogens and Vectors, Dali University, Dali, Yunnan, China,
(2) Department of Gynaecology, Guanlan People’s Hospital, Shenzhen, Guangdong, China,
(3) Department of Energetics Research Group, Institute of Biological and Environmental Sciences, University of Aberdeen, Aberdeen, U.K.

Скачать статью не составило труда (SciHub forever!). Я узнал ее тут же: в 2010 г. мне присылали этот опус на рецензию из Experimental & Applied Acarology. Моя рекомендация была - major revision. Теперь, значит, вместо EAA с импактом 1.725, я вижу эту статью опубликованной в другом журнале, с импактом 1.91. Кое-что авторы поправили: убрали совершенно неадекватный факторный анализ, убрали полностью излишние переменные из кластерного анализа, наконец, привлекли в соавторы белого человека, который, надо полагать, привел текст в более человеческий вид. Однако главные замечания они спокойно проигнорировали:

1. Утверждается, что авторы нашли в провинции 224 (в 1-м варианте статьи - 226) вида и 22(23) рода клещей-краснотелок. Однако в тексте приводится только 21 "наиболее обычный" вид из 7 родов.
2. Практически полностью проигнорированы предыдущие исследования по фауне краснотелок Юньнани. В частности, даже не упомянута опубликованная в 1984 г. книга "Sand mites of China" (ed. T. Wen), в которой целый раздел (почти третья часть книги) посвящен этой провинции.

В итоге, новизна опубликованных данных весьма сомнительна.

Далее, разумеется, мне интересно было посмотреть, в каком контексте процитированы мои работы (в 1-м варианте статьи этих ссылок не было). Читаю: "В жизненном цикле клещей-краснотелок нимфы и взрослые особи являются свободноживущими и только личинки являются паразитами, как правило, паразитами других животных (Li et al., 1997; Daniel & Stekolnikov, 2003, 2009; Takahashi et al., 2004; Guo et al., 2006)". В этом списке 1-я работа - таксономическая сводка по Китаю, 2-я и 3-я - наугад выбранные статьи с описаниями новых видов, 4-я - сообщение о случае тромбидиоза у кошки и 5-я - эколого-фаунистическая заметка по Юньнани. Т.е., имеем, фактически, имитацию обоснования: ни одна из процитированных работ не имеет никакого отношения к тезису. К тому же, совершенно непонятно, что должно означать это "usually as ectoparasites of other animals" - противопоставление автопаразитизму, что ли?

В статье процитирована и еще одна моя публикация: "Например, во всем Афганистане было определено всего 12 видов клещей краснотелок (Daniel et al., 2010)". На самом деле, в аннотации цитированной работы говорится о том, что в изученном материале, собранном в некоторых районах Афганистана было найдено 15 видов, а в первой же фразе Обсуждения сообщается, что фауна Афганистана на настоящий момент включает 27 видов. Т.е., эти [censored], очевидно, даже не видели статью, на которую ссылаются. И которая, кстати говоря, лежит на сайте издательства в свободном доступе.

А я с ними, как с людьми - написал в рецензии на целую страницу замечаний, шанс им дал. Нет, теперь никаких major revision: во всех подобных случаях - только reject! Сразу, с ноги. Получаем статью - тут же смотрим аффилиацию. Чайна? - до свидания!
trombicula: (Default)
Чтобы как-то поколебать имидж философствующего бездельника :)

Stekolnikov, A.A. & González-Acuña D. (2012) A revision of the chigger mite genus Paratrombicula Goff & Whitaker, 1984 (Acari: Trombiculidae), with the description of two new species. Systematic Parasitology, 83 (2): 105-115. Online

Stekolnikov, A.A., Carranza, S. & Gomez-Diaz, E. (2012) A new genus and species of Apoloniinae (Acari: Trombiculidae) from Oman. Zootaxa, 3499: 74–80. Online*

* К сожалению, не в открытом доступе.
trombicula: (Default)
Чтобы как-то поколебать имидж философствующего бездельника :)

Stekolnikov, A.A. & González-Acuña D. (2012) A revision of the chigger mite genus Paratrombicula Goff & Whitaker, 1984 (Acari: Trombiculidae), with the description of two new species. Systematic Parasitology, 83 (2): 105-115. Online*

Stekolnikov, A.A., Carranza, S. & Gomez-Diaz, E. (2012) A new genus and species of Apoloniinae (Acari: Trombiculidae) from Oman. Zootaxa, 3499: 74–80. Online*

* К сожалению, не в открытом доступе.
trombicula: (Default)
На тему "дикари с секвенатором". Авторский коллектив из Малайзии, статья о выявлении риккеттсий-возбудителей лихорадки цуцугамуши у клещей-краснотелок и их хозяев, с помощью ПЦР. Естественно, авторы и не подумали определять краснотелок так, как это положено: просто взяли из медицинской литературы название вида, который приводится там в качестве основного переносчика цуцугамуши в юго-восточной Азии (Leptotrombidium deliense). Это обычная практика, порождающая массу псевдонаучных публикаций, иногда и в хороших журналах - я про это писал не раз. Но на этот раз меня поразили еще два момента:

1. Результат работы - отрицательный. Авторы не нашли у краснотелок риккеттсий, вообще. Это при том, что цуцугамуши в Малайзии давно и хорошо известна - исследования на эту тему там велись и ведутся постоянно. ДНК риккеттсий нашли только в одном образце крови, взятой у млекопитающего-хозяина. Это не помешало им слепить из своих данных статью; в "Обсуждении" они гадают, отчего же вдруг ничего не получилось? Может быть, мало собрали млекопитающих? Может быть, искали не в тех местах? Так вот и хочется на это ответить: "Чуваки, не парьтесь: вы просто неудачники!"

2. Полевые результаты изложены с удивительной лаконичностью. Для краснотелок приведена только итоговая цифра, сколько собрали вместе, во всех 9 местообитаниях и на всех 11 видах хозяев. Биотопы приведены общим списком. Разумеется, никаких высот и координат - только названия пунктов. Но главное: не указаны не только даты сбора - не приведен даже сезон года! СЕЗОН, ё-моё!

Полагаю, граждане хорошо освоили выделенные на исследования средства. Молекулярка - вещь недешевая. Плюс оснащение полевой лаборатории, с микроскопами, фиксаторами, анестетиками и пр., замораживание образцов ткани животных и т.д. В белых халатиках, небось, работали, и в резиновых перчатках. Logistic support, небось, ящики пива в кузове...

Конечно, как говорил Глеб Жеглов, правопорядок в стране определяется не наличием воров и т.д., - так и состояние науки определяется по уровню публикаций, а не рукописей. Но что-то это рассуждение не придает мне оптимизма...
trombicula: (Default)
На тему "дикари с секвенатором". Авторский коллектив из Малайзии, статья о выявлении риккеттсий-возбудителей лихорадки цуцугамуши у клещей-краснотелок и их хозяев, с помощью ПЦР. Естественно, авторы и не подумали определять краснотелок так, как это положено: просто взяли из медицинской литературы название вида, который приводится там в качестве основного переносчика цуцугамуши в юго-восточной Азии (Leptotrombidium deliense). Это обычная практика, порождающая массу псевдонаучных публикаций, иногда и в хороших журналах - я про это писал не раз. Но на этот раз меня поразили еще два момента:

1. Результат работы - отрицательный. Авторы не нашли у краснотелок риккеттсий, вообще. Это при том, что цуцугамуши в Малайзии давно и хорошо известна - исследования на эту тему там велись и ведутся постоянно. ДНК риккеттсий нашли только в одном образце крови, взятой у млекопитающего-хозяина. Это не помешало им слепить из своих данных статью; в "Обсуждении" они гадают, отчего же вдруг ничего не получилось? Может быть, мало собрали млекопитающих? Может быть, искали не в тех местах? Так вот и хочется на это ответить: "Чуваки, не парьтесь: вы просто неудачники!"

2. Полевые результаты изложены с удивительной лаконичностью. Для краснотелок приведена только итоговая цифра, сколько собрали вместе, во всех 9 местообитаниях и на всех 11 видах хозяев. Биотопы приведены общим списком. Разумеется, никаких высот и координат - только названия пунктов. Но главное: не указаны не только даты сбора - не приведен даже сезон года! СЕЗОН, ё-моё!

Полагаю, граждане хорошо освоили выделенные на исследования средства. Молекулярка - вещь недешевая. Плюс оснащение полевой лаборатории, с микроскопами, фиксаторами, анестетиками и пр., замораживание образцов ткани животных и т.д. В белых халатиках, небось, работали, и в резиновых перчатках. Logistic support, небось, ящики пива в кузове...

Конечно, как говорил Глеб Жеглов, правопорядок в стране определяется не наличием воров и т.д., - так и состояние науки определяется по уровню публикаций, а не рукописей. Но что-то это рассуждение не придает мне оптимизма...
trombicula: (Default)
Коллега из Испании предложила небольшую совместную работу. Не студент, не постдок - я это подчеркиваю: исследователь-паразитолог на контракте, с Хиршем 8 (куда там мне, с моим h-index = 2). Она выделила ДНК из "чиггеров" и попросила меня определить вид, сопоставив останки выдавленного для получения ДНК экземпляра и других, интактных клещей из тех же сборов. Задача, в общем, решаемая; вчера я просмотрел и частично отпрепарировал этот материал - там было меньше 20 клещей. Так вот, оказалось, что они относятся к двум разным семействам, причем даже не родственным: кроме "чиггеров", там были еще птеригосоматиды, которых объединяет с "чиггерами" только то, что те и другие - мелкие, красненькие и сидят у рептилий под чешуйками. И ДНК как раз была выделена у птеригосоматиды. Главное, первые от вторых элементарно отличаются ПО ЧИСЛУ НОГ: у "чиггеров" их ШЕСТЬ, как у всех нормальных личинок клещей, а у птеригосоматид, представленных в сборах постларвальными стадиями - ВОСЕМЬ, что хорошо видно под бинокуляром при изготовлении препаратов. А вы говорите, мол, Аристотель, восьминогая муха... Если развитие биологии пойдет в том же направлении и теми же темпами, то Аристотель скоро окажется недостижимым идеалом.
Дикари, вооруженные секвенатором...
trombicula: (Default)
Коллега из Испании предложила небольшую совместную работу. Не студент, не постдок - я это подчеркиваю: исследователь-паразитолог на контракте, с Хиршем 8 (куда там мне, с моим h-index = 2). Она выделила ДНК из "чиггеров" и попросила меня определить вид, сопоставив останки выдавленного для получения ДНК экземпляра и других, интактных клещей из тех же сборов. Задача, в общем, решаемая; вчера я просмотрел и частично отпрепарировал этот материал - там было меньше 20 клещей. Так вот, оказалось, что они относятся к двум разным семействам, причем даже не родственным: кроме "чиггеров", там были еще птеригосоматиды, которых объединяет с "чиггерами" только то, что те и другие - мелкие, красненькие и сидят у рептилий под чешуйками. И ДНК как раз была выделена у птеригосоматиды. Главное, первые от вторых элементарно отличаются ПО ЧИСЛУ НОГ: у "чиггеров" их ШЕСТЬ, как у всех нормальных личинок клещей, а у птеригосоматид, представленных в сборах постларвальными стадиями - ВОСЕМЬ, что хорошо видно под бинокуляром при изготовлении препаратов. А вы говорите, мол, Аристотель, восьминогая муха... Если развитие биологии пойдет в том же направлении и теми же темпами, то Аристотель скоро окажется недостижимым идеалом.
Дикари, вооруженные секвенатором...
trombicula: (Default)
http://www.mapress.com/zootaxa/list/2012/3216.html

 22.84 КБ


Кстати, обратите внимание на нижнюю часть страницы:

 8.83 КБ


Наши люди в Голливуде! :)

Если среди читателей этого поста вдруг найдутся желающие получить PDF - могу выслать, сообщайте е-мейл. Файл весит 7 Мб.

Кстати, вопрос научному сообществу. Я попробовал разослать заинтересованным коллегам эту монографию, используя files.mail.ru. Т.е. загрузил туда, получил сгенерированную случайную ссылку и сообщил ее по имеющимся у меня е-мейлам. Это нарушение копирайта или нет? Вообще, я не имею права размещать PDF в open access, скажем, у себя на домашней страничке. Но файлы, загруженные на mail.ru - это, вроде, не open access? Или все-таки open?
trombicula: (Default)
http://www.mapress.com/zootaxa/list/2012/3216.html

 22.84 КБ


Кстати, обратите внимание на нижнюю часть страницы:

 8.83 КБ


Наши люди в Голливуде! :)

Если среди читателей этого поста вдруг найдутся желающие получить PDF - могу выслать, сообщайте е-мейл. Файл весит 7 Мб.

Кстати, вопрос научному сообществу. Я попробовал разослать заинтересованным коллегам эту монографию, используя files.mail.ru. Т.е. загрузил туда, получил сгенерированную случайную ссылку и сообщил ее по имеющимся у меня е-мейлам. Это нарушение копирайта или нет? Вообще, я не имею права размещать PDF в open access, скажем, у себя на домашней страничке. Но файлы, загруженные на mail.ru - это, вроде, не open access? Или все-таки open?
trombicula: (Default)
46.62 КБ

Это мой первый опыт покупок в интернете. Покупал здесь: http://www.hceis.com/book.asp?id=1674. Платил через PayPal. Это мне стоило $110, включая пересылку и плату за годовое обслуживание банковской карты, которую я завел специально ради этого случая. Сама книга стоила $55. Попытки как-то достать ее иными путями были безуспешны, а она мне очень нужна для работы, причем срочно.

Никак не ожидал, что она будет такая большая и глянцевая :) Текст, увы, на китайском, но для таксономических целей мне вполне хватит рисунков, промеров и диагностических формул.
trombicula: (Default)
46.62 КБ

Это мой первый опыт покупок в интернете. Покупал здесь: http://www.hceis.com/book.asp?id=1674. Платил через PayPal. Это мне стоило $110, включая пересылку и плату за годовое обслуживание банковской карты, которую я завел специально ради этого случая. Сама книга стоила $55. Попытки как-то достать ее иными путями были безуспешны, а она мне очень нужна для работы, причем срочно.

Никак не ожидал, что она будет такая большая и глянцевая :) Текст, увы, на китайском, но для таксономических целей мне вполне хватит рисунков, промеров и диагностических формул.
trombicula: (Default)
Прогнал скрипт еще раз с другими prior probabilities. Раньше я как-то не обращал внимания на эту опцию, а в Статистике по умолчанию стоит "Proportional to group sizes". В R, в функции lda() из пакета MASS, которой я пользовался, по умолчанию prior probabilities тоже берутся пропорциональными размерам групп. Попробовал теперь взять равные для всех групп. Объединенная таблица под катом.

Read more... )

Отсортировано по возрастанию Wilks lambda, т.е. убыванию качества дискриминации. Красным выделена модель, которая была отобрана раньше, при работе над статьей. Видно, что она, на самом деле, не лучшая. Но я теперь уже не уверен, не считали ли мы % ошибок классификации в объединении всех групп, что должно было дать сильно заниженный результат по сравнению со средним % в группах, т.к. в одной группе было очень мало экземпляров (всего 15).

Вроде получается, что с равными prior probabilities результат лучше. В общем, это кажется логичным: сравнительные размеры выборок - это ведь случайное обстоятельство. Значит, хорошо бы исключить его влияние на результат...

Еще можно заметить, что первые 8 лучших (по Wilks lambda) наборов переменных - одни и те же в обоих вариантах анализа, а дальше начинается разнобой (всего наборов было 6188; отбиралось 10 лучших по Wilks lambda, 10 лучших по miscl. % training и 10 лучших по miscl. % holdout - отсюда пропуски в таблице). И четко видны самые ценные переменные: Dmax, D1.4 и TaIII.
trombicula: (Default)
Прогнал скрипт еще раз с другими prior probabilities. Раньше я как-то не обращал внимания на эту опцию, а в Статистике по умолчанию стоит "Proportional to group sizes". В R, в функции lda() из пакета MASS, которой я пользовался, по умолчанию prior probabilities тоже берутся пропорциональными размерам групп. Попробовал теперь взять равные для всех групп. Объединенная таблица под катом.

Read more... )

Отсортировано по возрастанию Wilks lambda, т.е. убыванию качества дискриминации. Красным выделена модель, которая была отобрана раньше, при работе над статьей. Видно, что она, на самом деле, не лучшая. Но я теперь уже не уверен, не считали ли мы % ошибок классификации в объединении всех групп, что должно было дать сильно заниженный результат по сравнению со средним % в группах, т.к. в одной группе было очень мало экземпляров (всего 15).

Вроде получается, что с равными prior probabilities результат лучше. В общем, это кажется логичным: сравнительные размеры выборок - это ведь случайное обстоятельство. Значит, хорошо бы исключить его влияние на результат...

Еще можно заметить, что первые 8 лучших (по Wilks lambda) наборов переменных - одни и те же в обоих вариантах анализа, а дальше начинается разнобой (всего наборов было 6188; отбиралось 10 лучших по Wilks lambda, 10 лучших по miscl. % training и 10 лучших по miscl. % holdout - отсюда пропуски в таблице). И четко видны самые ценные переменные: Dmax, D1.4 и TaIII.
trombicula: (Default)
Ну что, я наконец-то написал работающий скрипт в R. Он делает LDA + size-correction. Вчера опробовал его на данных из своей прошлогодней статьи. За три часа работы он обсчитал примерно 6200 комбинаций признаков (все комбинации из 17 по 5) и получил результат, хотя и сильно отличающийся от того, что в статье, но все же отчасти на него похожий. Каждый анализ прогоняется 100 раз, с разными случайно выбранными обучающими выборками, валидизация - по среднему проценту ошибок классификации в группах (отдельно training и holdout) и по Wilks lambda.

Похоже, что в R мне уже становится удобнее работать, чем в Статистике. Скажем, для size-correction по Мозиманну в Статистике приходится вводить соответствующую формулу в каждой переменной (которых может быть 16-18), тогда как в R это делается сразу для всех нужных переменных с помощью функции apply(). Теперь, наверное, надо будет осваивать PCA и, соответственно, построение графиков...

Под катом - несколько экранов непонятных буквочек )
trombicula: (Default)
Ну что, я наконец-то написал работающий скрипт в R. Он делает LDA + size-correction. Вчера опробовал его на данных из своей прошлогодней статьи. За три часа работы он обсчитал примерно 6200 комбинаций признаков (все комбинации из 17 по 5) и получил результат, хотя и сильно отличающийся от того, что в статье, но все же отчасти на него похожий. Каждый анализ прогоняется 100 раз, с разными случайно выбранными обучающими выборками, валидизация - по среднему проценту ошибок классификации в группах (отдельно training и holdout) и по Wilks lambda.

Похоже, что в R мне уже становится удобнее работать, чем в Статистике. Скажем, для size-correction по Мозиманну в Статистике приходится вводить соответствующую формулу в каждой переменной (которых может быть 16-18), тогда как в R это делается сразу для всех нужных переменных с помощью функции apply(). Теперь, наверное, надо будет осваивать PCA и, соответственно, построение графиков...

Под катом - несколько экранов непонятных буквочек )

February 2013

S M T W T F S
     12
3 456 7 89
10 111213141516
1718 1920212223
2425262728  

Syndicate

RSS Atom

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jul. 21st, 2017 02:42 pm
Powered by Dreamwidth Studios