trombicula: (leto)
2018-03-03 04:16 pm

Поучаствовал в крутом проекте по методике

Rawadee Kumlert, Kittipong Chaisiri, Tippawan Anantatat, Alexandr A. Stekolnikov, Serge Morand, Anchana Prasartvit, Benjamin L. Makepeace, Sungsit Sungvornyothin, Daniel H. Paris.
March 1, 2018.
Autofluorescence microscopy for paired-matched morphological and molecular identification of individual chigger mites (Acari: Trombiculidae), the vectors of scrub typhus
PLoS ONE 13(3):e0193163
DOI: 10.1371/journal.pone.0193163 (открытый доступ)

Коротко говоря, вечная проблема с молекулярными исследованиями клещей-краснотелок состояла в том, что практически никогда нельзя было уверенно сопоставить полученные молекулярные данные с тем или иным морфологическим видом, поскольку клещ маленький (меньше миллиметра) и очень непрочный: после выдавливания всех внутренностей на молекулярку, остается только сильно поврежденная шкурка. При этом на одном зверьке часто паразитирует одновременно несколько родов и видов клещей, так что не получится часть взять для секвенирования, а часть отпрепарировать для морфологического исследования.

У неотпрепарированного клеща практически никакие морфологические признаки не видны, но если мы возьмем флуоресцентный микроскоп, то на временном препарате в обычном спирте получим вот такую картинку:

Отлично видно и расположение спинных щетинок, и спинной щит - можно сделать промеры, необходимые для определения, а потом растолочь всего клеща для секвенирования.

Аккуратный тайский постдок Равади (первый автор) сделала даже прижизненные фотографии каждого клеща, как он сидит на ухе у грызуна перед тем, как его извлекут оттуда и зафиксируют в спирте: по ссылке можно увидеть всю эту красоту.
trombicula: (leto)
2016-07-29 03:12 pm

Условия в нашем офисе

Во вторник ко мне приедут две студентки из Таиланда - учиться определять клещей-краснотелок. Прежде всего, придется перед ними извиниться за неподходящие условия на рабочем месте. То, что у нас не было ремонта с семьдесят дремучего года, если не раньше (не считая замены электропроводки и батарей отопления, после которой так и остались выдолбленные в стенах отверстия и желоба) - это еще ладно, но у нас же кондиционеров нет: архитектурные надзорные органы не разрешают портить исторический фасад. В итоге, когда температура на улице выше +20, у нас стоит дикая жара: не умереть на месте можно только благодаря напольному вентилятору. А зимой, соответственно, дикий холод, так что приходится сидеть за компьютером в пальто. Ладно, мы существа с развитым гомеостазом - но препараты жалко, которые хранятся при таких температурных перепадах. В Таиланде-то, я думаю, все в порядке с кондиционированием в офисах...
trombicula: (leto)
2016-01-08 04:23 pm

Получил подарок на Рождество

Kittipong Chaisiri; Alexandr A. Stekolnikov; Benjamin L. Makepeace; Serge Morand.
A revised checklist of chigger mites (Acari: Trombiculidae) from Thailand, with the description of three new species.
Journal of Medical Entomology 2016;
DOI: http://dx.doi.org/10.1093/jme/tjv244.
First published online: 7 January 2016.

Факты об этой статье:

  1. Внезапно выяснилось, что она находится в открытом доступе.

  2. Публикация сопровождается записью в блоге, иллюстрированной впечатляющими фотографиями, сделанными первым автором в экспедиции.

  3. Чтобы опубликоваться в этом журнале, я заплатил $144 (годовой взнос за членство в Американском энтомологическом обществе) из своих личных средств - как говорит Бочков, "отобранных у бедных голодных детей".

  4. В первый раз я вхожу в коллектив авторов (причем как corresponding author), происходящих аж из 4-х стран: Таиланд, Англия, Россия и Франция.

  5. Распределение ролей между авторами замечательно отражает ситуацию современного нео-, пост-, крипто- и прочего колониализма. Таиландец (постдок в Ливерпуле) сделал всю грязную ручную работу - собрал материал, отпрепарировал его и предварительно рассортировал по видам. Русский определил материал и написал статью. Англичанин проверил английский. Наконец, француз просто украсил список авторов своим благозвучным именем :)

  6. Список литературы включает 37 ссылок, из них 14 - на статьи в том же самом Journal of Medical Entomology. Я знал, что ни один редактор не сможет устоять против такого :)

  7. Ложка дегтя в этой бочке меда: Большой таиландский фейспалм.

  8. Названия новых видов: Trombiculindus kosapani - в честь Коса Пана, главы сиамского посольства во Франции в 1686 г.; Helenicula naresuani - в честь короля Наресуана Великого; Walchia chavali - в честь французского териолога, участника экспедиции в Таиланде, по имени Yannick Chaval.

  9. Авторство новых видов я присвоил себе с помощью следующей формулы: "Descriptions of new species were prepared by Alexandr Stekolnikov who is declared here as the person directly responsible for their names according to International Code of Zoological Nomenclature ([ICZN] 1999) (Recommendation 50A). He thus should be cited as the author of these names (ICZN 1999) (Recommendation 51E)."

  10. Карта-бланковка Таиланда, послужившая основой для цветной иллюстрации №10, была потырена из Википедии.

  11. Микрофотографии были сделаны китайской камерой, присоединенной к китайскому же микроскопу.


UPD: Это моя вторая статья в Journal of Medical Entomology. Первая была в 2009 (Daniel M., Stekolnikov A.A. 2009. Chigger mites (Acari: Trombiculidae) from Makalu Region in Nepal Himalaya, with a description of three new species. Journal of Medical Entomology, 46 (4): 753-765.). Милан Даниел тогда заплатил за публикацию из своих средств. И эта статья не в открытом доступе.
trombicula: (leto)
2015-12-11 10:12 pm

Большой таиландский фейспалм

Подписал сегодня обычное соглашение с издательством на публикацию статьи и в этот же день внезапно обнаружил у себя в шкафу на полке работу, на которую ссылался в этой статье, но думал, что искать ее бесполезно (это ведомственное отчетное издание медицинской исследовательской службы СЕАТО за 1973 г. - чеклист клещей-краснотелок Таиланда).

Если бы нашел ее раньше - этой статьи не было бы (сделал бы по тому же материалу совсем другую статью). До этого видел в интернете предыдущее (1966) и последующее (1993) издание чеклиста, где был только список видов. В последнем старушка Панита Лакшана трясущейся рукой наставила чудовищных опечаток, а главное, некоторые части списка выглядели как явная фальсификация, механическое включение видов с сопредельных территорий. По этому поводу я подверг все чеклисты скопом жесткой критике и написал свой - на основе публикаций в научных журналах и обработки нового материала.

Оказалось, что в чеклисте 1973 г. таки есть списки мест находок и животных-хозяев для каждого вида клещей. Более того, и в интернете есть по крайней мере еще один отчет (1967 г.) с такими списками. Значит, авторы все-таки реально определяли материал. Да, эти находки плохо документированы и непроверяемы (нет дат; неизвестно, где хранятся коллекции), но и данные из статей за тот же период часто не лучше. Т.е. отвергать такие результаты за то, что они "не опубликованы в журналах" - это все равно что отбрасывать современные публикации из журналов "с низким импактом".

В общем, фейспалм. Я не скажу, что мой чеклист оказывается бесполезным: скажем, у меня отмечены виды, описанные непосредственно из Таиланда, не говоря уже про 3 новых вида и 10 находок, но, похоже, такого прокола у меня не было с первой статьи (1992), где при публикации потерялась таблица промеров...
trombicula: (leto)
2015-08-05 12:18 pm

На третий день Зоркий Глаз заметил...

Только редактируя фотографии четырех своих новых видов в Фотошопе нашел у двух из них вторую пару глаз (один в итоге был исключен из новых видов). У одного глаз вообще не видел, в диагнозе написал: "Глаз нет", - а они есть:
109.78 КБ
Более того, их, возможно, две пары:
45.18 КБ
Но провалиться мне, если я вижу вторую пару у того экземпляра, с которого делал рисунок!

С видами из другого рода вообще полная засада:
161.22 КБ
Вот этого-то как можно было не заметить?! А ведь смотрел на дорогом микроскопе хорошей фирмы, с дифференциальным интерференционным контрастом. И только фото, сделанное дешевым китайским девайсом, показало истинное положение вещей. Хорошо еще, что статью не успел отправить в журнал...